A Modular Strategy for Generating Starting Conformations and Data Structures of
Sprache: Englisch
Verlag: Forgotten Books, 2024
- Softcover
- Neu
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Print on Demand. A simple algorithm for generating starting coordinates and data structures of polynucleotide helices for energy calculations is presented in this book. The method is rapid, utilizes a helix from a simple list of bonds for basic DNA subunits, and avoids applying successive transformations to obtain coordinates. Deviations from equilibrium values for P03' bond lengths and 05'-P-O3' bond angles at residue connection sites are permitted, thereby avoiding the need for ring closure and geometry optimization. Every dimer building block is constructed from two sets of variables, one for each strand, and assembled into a helix by rigid body transformations. The author suggests how the algorithm can be used not only to generate standard A, B, and Z-DNA helices, but also to set up a wide range of starting conformations for the purpose of identifying novel helical structures. The book concludes by proposing ways the algorithm can be used to apply the build-up technique and pursue a build-up technique, and to explore conformational space systematically. Its insights will be valuable to those seeking to investigate the base sequence/structure relationship. This book is a reproduction of an important historical work, digitally reconstructed using state-of-the-art technology to preserve the original format. In rare cases, an imperfection in the original, such as a blemish or missing page, may be replicated in the book.…
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- Titel
- A Modular Strategy for Generating Starting Conformations and Data Structures of
- Autor
- Tamar Schlick
- Verlag
- Forgotten Books
- Veröffentlichungsjahr
- 2024
- Zustand
- New
- Buchtyp
- print-on-demand item
- Einband
- Paperback
- Sprache
- Englisch
- ISBN-10
- 1332869009
- ISBN-13
- 9781332869008
- Verkäuferkataloge
- Geometry
Several papers have mentioned in general terms approaches for preparing and linking data structures of single residues to form protein and nucleic acid models [1 Many other papers have described algorithms for generating coordinates for nucleic acid structures when a given set of internal variables bond lengths, bond angles and dihedral angles) is given [4 These algorithms generate structures of dna subunits and then arrange them into helical polymers by using additional helical parameters. The overall strategy is usually that of constrained model building, since a given set of geometric variables is declared independent and other variables are adjusted so as to generate reasonable helical structures. Often, energy minimization is combined to ensure ring closure for the sugars and optimal geometries at the connection sites along the sugar-phosphate backbone.
In some cases, geometry optimization is constrained to maintain, for example, base pairconformations or global helical parameters.
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