Patterns and algorithms in high-throughput sequencing count data

Sprache: Englisch

Verlag: Scholars' Press Jan 2017, 2017

3659846228 / 9783659846229

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This item is printed on demand - it takes 3-4 days longer - Neuware -Proteins interacting with the genome, such as histones and transcription factors, play a major role in the regulation of gene expression. Experimental techniques such as ChIP-seq provide a new type of digital sequences that quantify the presence of a protein along the genome. These are count signals: sequences as long as the genetic code, but with the natural numbers as an alphabet. The computational analysis of these sequences is challenging, as the biological patterns are complex and the datasets are large. This thesis presents 3 efficient algorithms for pattern detection problems in count signals. The first infers the genomic locations of positioned nucleosomes by using an appropriate wavelet and by integrating measurements from multiple ChIP-seq experiments. The second characterizes the regulatory processes acting on the chromatin and is based on an accurate probabilistic model for read counts. The third detects transcription factor binding sites from ChIP-exo data by simultaneously modelling the sequence and the read counts associated to a binding event. Overall, the thesis presents a general computational framework that is likely to be important for future challenges. 140 pp. Englisch.…

Bestandsnummer des Verkäufers 9783659846229

Titel
Patterns and algorithms in high-throughput sequencing count data
Autor
Alessandro Mammana
Verlag
Scholars' Press Jan 2017
Erscheinungsjahr
2017
Zustand
Neu
Einband
Taschenbuch
Sprache
Englisch
ISBN-10
3659846228
ISBN-13
9783659846229
Artikelgewicht
227 Gramm
Abmessungen
220x150x9 mm

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