An introduction to the quantitative modeling of biological processes, presenting modeling approaches, methodology, practical algorithms, software tools, and examples of current research.

The quantitative modeling of biological processes promises to expand biological research from a science of observation and discovery to one of rigorous prediction and quantitative analysis. The rapidly growing field of quantitative biology seeks to use biology's emerging technological and computational capabilities to model biological processes. This textbook offers an introduction to the theory, methods, and tools of quantitative biology.

The book first introduces the foundations of biological modeling, focusing on some of the most widely used formalisms. It then presents essential methodology for model-guided analyses of biological data, covering such methods as network reconstruction, uncertainty quantification, and experimental design; practical algorithms and software packages for modeling biological systems; and specific examples of current quantitative biology research and related specialized methods. Most chapters offer problems, progressing from simple to complex, that test the reader's mastery of such key techniques as deterministic and stochastic simulations and data analysis. Many chapters include snippets of code that can be used to recreate analyses and generate figures related to the text. Examples are presented in the three popular computing languages: Matlab, R, and Python. A variety of online resources supplement the the text.

The editors are long-time organizers of the Annual q-bio Summer School, which was founded in 2007. Through the school, the editors have helped to train more than 400 visiting students in Los Alamos, NM, Santa Fe, NM, San Diego, CA, Albuquerque, NM, and Fort Collins, CO. This book is inspired by the school's curricula, and most of the contributors have participated in the school as students, lecturers, or both.

Contributors
John H. Abel, Roberto Bertolusso, Daniela Besozzi, Michael L. Blinov, Clive G. Bowsher, Fiona A. Chandra, Paolo Cazzaniga, Bryan C. Daniels, Bernie J. Daigle, Jr., Maciej Dobrzynski, Jonathan P. Doye, Brian Drawert, Sean Fancer, Gareth W. Fearnley, Dirk Fey, Zachary Fox, Ramon Grima, Andreas Hellander, Stefan Hellander, David Hofmann, Damian Hernandez, William S. Hlavacek, Jianjun Huang, Tomasz Jetka, Dongya Jia, Mohit Kumar Jolly, Boris N. Kholodenko, Markek Kimmel, Michał Komorowski, Ganhui Lan, Heeseob Lee, Herbert Levine, Leslie M Loew, Jason G. Lomnitz, Ard A. Louis, Grant Lythe, Carmen Molina-Par�s, Ion I. Moraru, Andrew Mugler, Brian Munsky, Joe Natale, Ilya Nemenman, Karol Nienałtowski, Marco S. Nobile, Maria Nowicka, Sarah Olson, Alan S. Perelson, Linda R. Petzold, Sreenivasan Ponnambalam, Arya Pourzanjani, Ruy M. Ribeiro, William Raymond, William Raymond, Herbert M. Sauro, Michael A. Savageau, Abhyudai Singh, James C. Schaff, Boris M. Slepchenko, Thomas R. Sokolowski, Petr Šulc, Andrea Tangherloni, Pieter Rein ten Wolde, Philipp Thomas, Karen Tkach Tuzman, Lev S. Tsimring, Dan Vasilescu, Margaritis Voliotis, Lisa Weber

�ber die Autorin bzw. den Autor

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

William S. Hlavacek is a Scientist in the Theoretical Biology and Biophysics Group at Los Alamos National Laboratory.

Lev S. Tsimring is a Research Scientist and Associate Director of the BioCircuits Institute at the University of California, San Diego.

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

Terrence J. Sejnowski holds the Francis Crick Chair at the Salk Institute for Biological Studies and is a Distinguished Professor at the University of California, San Diego. He was a member of the advisory committee for the Obama administration's BRAIN initiative and is President of the Neural Information Processing (NIPS) Foundation. He is the author of The Deep Learning Revolution (MIT Press) and other books.

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

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Sie haben das Recht, binnen vierzehn Tagen ohne Angabe von Gr�nden diesen Vertrag zu widerrufen.

Die Widerrufsfrist betr�gt vierzehn Tage ab dem Tag, an dem Sie oder ein von Ihnen benannter Dritter, der nicht der Bef�rderer ist, die letzte Ware oder die letzte Teilsendung bzw. das letzte St�ck in Besitz genommen haben bzw. hat.

Um Ihr Widerrufsrecht auszu�ben, m�ssen Sie uns, Book Dispensary, 66 Elderbrook Cres., L4K 5M5, Vaughan, Ontario, Canada, +1 416-347-7231, mittels einer eindeutigen Erkl�rung (z.B. ein mit der Post versandter Brief, Telefax oder E-Mail) �ber Ihren Entschluss, diesen Vertrag zu widerrufen, informieren. Sie k�nnen daf�r das beigef�gte Muster-Widerrufsformular verwenden, das jedoch nicht vorgeschrieben ist. Sie k�nnen auch eine andere eindeutige Erkl�rung auf der Webseite "Meine Bestellungen" in Ihrem "Nutzerkonto" elektronisch ausf�llen und �bermitteln. Machen Sie von dieser M�glichkeit Gebrauch, so werden wir Ihnen unverz�glich (z. B. per E-Mail) eine Best�tigung �ber den Eingang eines solchen Widerrufs �bermitteln. Zur Wahrung der Widerrufsfrist reicht es aus, dass Sie die Mitteilung �ber die Aus�bung des Widerrufsrechts vor Ablauf der Widerrufsfrist absenden.

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Wenn Sie diesen Vertrag widerrufen, haben wir Ihnen alle Zahlungen, die wir von Ihnen erhalten haben, einschlie�lich der Lieferkosten (mit Ausnahme der zus�tzlichen Kosten, die sich daraus ergeben, dass Sie eine andere Art der Lieferung als die von uns angebotene, g�nstigste Standardlieferung gew�hlt haben), unverz�glich und sp�testens binnen vierzehn Tagen ab dem Tag zur�ckzuzahlen, an dem die Mitteilung �ber Ihren Widerruf dieses Vertrags bei uns eingegangen ist. F�r diese R�ckzahlung verwenden wir dasselbe Zahlungsmittel, das Sie bei der urspr�nglichen Transaktion eingesetzt haben, es sei denn, mit Ihnen wurde ausdr�cklich etwas anderes vereinbart; in keinem Fall werden Ihnen wegen dieser R�ckzahlung Entgelte berechnet. Wir k�nnen die R�ckzahlung verweigern, bis wir die Waren wieder zur�ckerhalten haben oder bis Sie den Nachweis erbracht haben, dass Sie die Waren zur�ckgesandt haben, je nachdem, welches der fr�here Zeitpunkt ist. Sie haben die Waren unverz�glich und in jedem Fall sp�testens binnen vierzehn Tagen ab dem Tag, an dem Sie uns �ber den Widerruf dieses Vertrags unterrichten, an Book Dispensary, 66 Elderbrook Cres., L4K 5M5, Vaughan, Ontario, Canada, +1 416-347-7231, zur�ckzusenden oder zu �bergeben. Die Frist ist gewahrt, wenn Sie die Waren vor Ablauf der Frist von vierzehn Tagen absenden.

Sie tragen die unmittelbaren Kosten der R�cksendung der Waren. Sie m�ssen f�r einen etwaigen Wertverlust der Waren nur aufkommen, wenn dieser Wertverlust auf einen zur Pr�fung der Beschaffenheit, Eigenschaften und Funktionsweise der Waren nicht notwendigen Umgang mit ihnen zur�ckzuf�hren ist.

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