Urs App wurde 1949 in Rorschach am Bodensee geboren und studierte in Freiburg, Kyoto und Philadelphia Psychologie, Philosophie und Religionswissenschaft. Er doktorierte 1989 an der Temple University in Philadelphia im Spezialgebiet Chinesischer Buddhismus.
Von 1989 bis 1999 war er ordentlicher Professor für Buddhismus an der Hanazono Universität in Kyoto und stellvertretender Direktor des International Research Institute for Zen Buddhism an derselben Universität. Seither forscht er an verschiedenen Institutionen in Asien und Europa, zuletzt am Forschungsinstitut für Zenkultur (Zenbunka kenkyujo, Kyoto; 2005-2007), dem Schweizerischer Nationalfonds (2007-2010), der Scuola Italiana di Studi sull'Asia Orientale (ISEAS; 2010-11) und dem Institut für Humanistische Studien der Universität Kyoto (2011-2012).
Die Forschungsschwerpunkte von Urs App sind die Buddhismuskunde (vor allem Zen-Buddhismus), die Geschichte des Orientalismus, die Geschichte der europäischen Entdeckung asiatischer Religionen, die Geschichte der Philosophie in Ost und West (besonders auch von Schopenhauer und seiner Rezeption asiatischen Gedankengutes) und die Ideengeschichte in Orient und Okzident.